ОСНАЩЕНИЕ И УСЛУГИ ДЛЯ НАУЧНЫХ ЛАБОРАТОРИЙ
ОСНАЩЕНИЕ И УСЛУГИ ДЛЯ НАУЧНЫХ ЛАБОРАТОРИЙ
Ограничения НИПТ и альтернативные подходы к анализу
Несмотря на высокую точность НИПТ, все же остается вероятность неправильно полученного или проинтерпретированного результата. Давайте узнаем, насколько велика вероятность ошибки, по каким причинам она может произойти и какой метод генетического анализа может стать альтернативой НИПТ.
Ложноположительные и ложноотрицательные результаты
Недавнюю популярность инвазивных методов диагностики генетических патологий постепенно затмевает безопасность и точность неинвазивного метода НИПТ. Несмотря на его высокую точность, полностью избежать получения ложноотрицательных и ложноположительных результатов пока что не удается. Тем не менее, число ошибочных анализов крайне мало, даже при исследовании больших выборок [1].
Ученые из Copenhagen University Hospital Hvidovre выявили 0,09% ложноотрицательных результатов после проведения НИПТ для диагностики трисомии 21 хромосомы [2]. Ранее другая группа ученых изучила результаты тестирования для более, чем 80 тысяч беременных женщин. Из них ложноотрицательными оказались 0,01%. Из девяти случаев два ложноотрицательных результата исследователи получили из-за плацентарного мозаицизма и еще один из-за беременности двойней [1].
Считается, что возникновение ложноотрицательных результатов связано с низким количеством внеклеточной ДНК (вкДНК) в плазме матери. На это могут влиять возраст женщины (в том числе и ранняя беременность) и ожирение [3]. Стратегией, способной нивелировать случаи ложноотрицательных результатов в связи с мозаицизмом или беременностью двойней, может стать анализ более коротких фрагментов вкДНК и их одновременное их обогащение.
Другими причинами ложноотрицательных результатов становятся:
Недавнюю популярность инвазивных методов диагностики генетических патологий постепенно затмевает безопасность и точность неинвазивного метода НИПТ. Несмотря на его высокую точность, полностью избежать получения ложноотрицательных и ложноположительных результатов пока что не удается. Тем не менее, число ошибочных анализов крайне мало, даже при исследовании больших выборок [1].
Ученые из Copenhagen University Hospital Hvidovre выявили 0,09% ложноотрицательных результатов после проведения НИПТ для диагностики трисомии 21 хромосомы [2]. Ранее другая группа ученых изучила результаты тестирования для более, чем 80 тысяч беременных женщин. Из них ложноотрицательными оказались 0,01%. Из девяти случаев два ложноотрицательных результата исследователи получили из-за плацентарного мозаицизма и еще один из-за беременности двойней [1].
Считается, что возникновение ложноотрицательных результатов связано с низким количеством внеклеточной ДНК (вкДНК) в плазме матери. На это могут влиять возраст женщины (в том числе и ранняя беременность) и ожирение [3]. Стратегией, способной нивелировать случаи ложноотрицательных результатов в связи с мозаицизмом или беременностью двойней, может стать анализ более коротких фрагментов вкДНК и их одновременное их обогащение.
Другими причинами ложноотрицательных результатов становятся:
- Опухоль у матери. Бесклеточная ДНК опухолевого происхождения из материнской сыворотки может маскировать вкДНК плода и ее хромосомный профиль, что в конечном итоге приводит к аномальным результатам НИПТ. Таким образом, НИПТ противопоказан для беременных женщин со злокачественными новообразованиями [4].
- "Исчезающий" близнец. При зачатии близнецов, один из них может перестать развиваться и погибнуть, но при этом никак не мешать развитию второго ребенка. Тем не менее, вкДНК не развившегося плода может попасть в кровоток матери и привести к ложноположительному или ложному результату анализа [5].
Новизна метода и отсутствие опыта
Во время дотестового и послетестового консультирования по НИПТ беременные женщины также должны быть проинформированы о характеристиках теста, эффективности скрининга, связанных с ним рисках и важности последующего наблюдения. Это позволяет женщинам сделать осознанный выбор, хотят ли они пройти тест или выбрать альтернативный анализ. Однако из-за нехватки хорошо подготовленных клинических экспертов по дородовому уходу, пациенты иногда не в состоянии получить доступ ко всей информации о НИПТ.
Зачастую пациентам недостаточно той информации, которую им могут предоставить медицинские сотрудники. Большинство персонала не обладает опытом консультирования по вариантам генетического тестирования и не могут обеспечить адекватную интерпретацию данных. Однако, этот вопрос можно решить куда легче, чем устранить технические недостатки метода. Необходимо всеобъемлющее обучение сотрудников, связанных с консультированием и интерпретацией полученных результатов.
Во время дотестового и послетестового консультирования по НИПТ беременные женщины также должны быть проинформированы о характеристиках теста, эффективности скрининга, связанных с ним рисках и важности последующего наблюдения. Это позволяет женщинам сделать осознанный выбор, хотят ли они пройти тест или выбрать альтернативный анализ. Однако из-за нехватки хорошо подготовленных клинических экспертов по дородовому уходу, пациенты иногда не в состоянии получить доступ ко всей информации о НИПТ.
Зачастую пациентам недостаточно той информации, которую им могут предоставить медицинские сотрудники. Большинство персонала не обладает опытом консультирования по вариантам генетического тестирования и не могут обеспечить адекватную интерпретацию данных. Однако, этот вопрос можно решить куда легче, чем устранить технические недостатки метода. Необходимо всеобъемлющее обучение сотрудников, связанных с консультированием и интерпретацией полученных результатов.
Альтернативный метод — ХМА
Хромосомный микроматричный анализ (ХМА) — метод, используемый для выявления генетических причин заболеваний и проблем развития. Он используется для количественной оценки числа копий тысяч сегментов ДНК одновременно. Именно этот метод используют в качестве альтернативы НИПТ.
ХМА используется для обнаружения изменений количества копий определенных фрагментов ДНК (CNV). К методу прибегают для диагностики аномалий числа хромосом (синдром Дауна, синдром Патау, синдром Эдвардса и т.п.), делеций и дупликаций. Подробнее о ХМА мы расскажем в других статьях блога компании Sesana.
Хромосомный микроматричный анализ (ХМА) — метод, используемый для выявления генетических причин заболеваний и проблем развития. Он используется для количественной оценки числа копий тысяч сегментов ДНК одновременно. Именно этот метод используют в качестве альтернативы НИПТ.
ХМА используется для обнаружения изменений количества копий определенных фрагментов ДНК (CNV). К методу прибегают для диагностики аномалий числа хромосом (синдром Дауна, синдром Патау, синдром Эдвардса и т.п.), делеций и дупликаций. Подробнее о ХМА мы расскажем в других статьях блога компании Sesana.
Источники
- Xue Y. et al. Sequencing shorter cfDNA fragments decreases the false negative rate of non-invasive prenatal testing //Frontiers in genetics. – 2020. – Т. 11. – С. 280.
- Hartwig T. S. et al. Discordant non‐invasive prenatal testing (NIPT)–a systematic review //Prenatal diagnosis. – 2017. – Т. 37. – №. 6. – С. 527-539.
- Kinnings S. L. et al. Factors affecting levels of circulating cell‐free fetal DNA in maternal plasma and their implications for noninvasive prenatal testing //Prenatal Diagnosis. – 2015. – Т. 35. – №. 8. – С. 816-822.
- Lenaerts L. et al. Pregnant women with confirmed neoplasms should not have noninvasive prenatal testing //Prenatal diagnosis. – 2019. – Т. 39. – №. 12. – С. 1162-1165.
- McCullough R. M. et al. Non-invasive prenatal chromosomal aneuploidy testing-clinical experience: 100,000 clinical samples //PLoS one. – 2014. – Т. 9. – №. 10. – С. e109173.